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(3)表达水平:在实验样本中内参蛋白应该是高表达的巨蛇事件
发布日期:2024-06-14 05:24 点击次数:117
作为一名生物学的科研汪,想必大家都跟小编曾经一样无数次的在WB实验的诡异迷局中垂死挣扎而无法自拔;目标条带没有信号、条带呈微笑U状或者倒微笑状、背景非均一性、最边缘条带弯曲等等。可除了这些明显的问题之外,还有一个最可能会被我们忽略的问题就是内参蛋白的选择。对于很多WB实验操作者特别是WB新手来说,可能他们通常都不会在选择内参上做过多的考虑,因为从师兄师姐那里传承下来的经验可能就是内参用GAPDH、beta-Actin或alpha-Tubulin,所以在做WB实验的时候很可能就习惯性的沿用之前的经验了。可往往真相和我们所设想的就是不一样,内参蛋白的选择重要么?怎么选?下面小编就带大家一起梳理一下吧!
首先谈谈,为什么要选择内参?
WB实验的非常重要的作用是比较不同条件下或者不同组织中,靶蛋白表达量的相对多少。但是要衡量蛋白表达水平,前提条件就是等量的上样量。由于内参蛋白在各组织和细胞中的表达相对恒定,因此可以借助检测每个样品中内参的量来判断上样量是否均等,从而进一步判断结果是否可信。
其次内参蛋白的选择应遵循的原则:
(1)稳定表达:相对于总蛋白而言,内参蛋白的表达水平保持恒定
(2)分子量的大小:内参蛋白与目的蛋白的分子量大小最好相差5Kd以上。
(3)表达水平:在实验样本中内参蛋白应该是高表达的。
(4)丰度相似性:样本中内参蛋白的表达丰度应该与目的蛋白的丰度有相似性,不会出现信号饱和的现象,导致无法正确的判断出内参蛋白和目的蛋白的表达水平变化。
(5)根据实验样本的种属来源做选择。哺乳动物的组织或者细胞样本,可选择GAPDH、beta-Actin或alpha-Tubulin、Lamin B、PCNA、ATPase Na+/ K+ beta 2 (ATPB2);植物样本可选择plant actin、Rubisco。
最后,不同实验样本该如何选择内参?
不同的组织样本在选择内参时,存在一些差别;GAPDH、beta-Actin或alpha-Tubulin作为内参并不能满足所有的WB实验。因此内参抗体的选择需要结合实际的实验条件和样本类型来确定。
细胞总蛋白
GAPDH
检测分子量大约在36kD
Beta-actin
检测分子量大约在42kD
Beta-tubulin
检测分子量大约在50kD
Alpha-tubulin
检测分子量大约在50kD
Vinculin
检测分子量大约在117kD
Cyclophilin B
检测分子量大约在20kD
细胞核蛋白
PCNA
检测分子量大约在30kD
Histone H3
检测分子量大约在15kD
HDAC1
检测分子量大约在55kD
Lamin B1
检测分子量大约在66kD
TBP
检测分子量大约在35kD
植物样本
Plant Actin
检测分子量大约在42kD
Rubisco
检测分子量大约在55kD
膜蛋白
ATPase Na+/ K+ beta 2 (ATPB2)
检测分子量大约在33kD
线粒体蛋白
VDAC1
检测分子量大约在32kD
COX IV
检测分子量大约在17kD
全血/血浆/血清
Transferrin
检测分子量大约在77kD
Albumin
检测分子量大约在66kD
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